Edificata nel X secolo dal duca di Gaeta Giovanni IV, presenta come caratteristiche la cupola in stile arabo e il pavimento leggermente inclinato per permettere il defluire delle acque del mare nei periodi di alta marea essendo stata eretta nelle vicinanze del mare, all’esterno della cinta muraria, parzialmente demolita agli inizi degli anni Sessanta

La piccola chiesa di S. Giovanni a Mare (che era conosciuta anche con il nome di S. Giuseppe perchè vi si riuniva la Confraternita dei falegnami, i quali avevano un proprio altare e vi celebravano la messa) è una delle più caratteristiche della Gaeta medievale per le diverse influenze architettoniche che vi si fondono.

Edificata sul luogo di un edificio romano da cui materiale vario per le fondamenta e la costruzione. L’altare è ricavato da un sarcofago, le otto colonne che dividono le navate hanno capitelli di vario stile. Di particolare interesse è la cupola di arte bizantina.

San Giovanni a Mare ha dato il nome ad una importante Associazione musicale locale (fondata nel 1971) che organizza annualmente una stagione concertistica di altissimo livello